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行政院修法大赦登陸台商，不分直接或間接投資，在大陸設子公司或分公司者，其向大陸政府繳納的25%公司所得稅均可回台抵稅。財政部指出，違規登陸台商需先補辦登記，並將盈餘匯回台灣後，才能享有抵稅權。

財政部也明確指出，准許大陸台商在中國的子公司所繳納的大陸公司所得稅，可以回台扣抵在台應納所得稅，只限「實際向大陸政府繳交的稅款」，若大陸台商享有中國政府提供的租稅減免，已減免的稅捐並不具抵稅權。

財政部常務次長張盛和指出，大陸盈餘匯回可以扣抵在大陸繳納的公司所得稅款，是以盈餘匯回年度決定是否適用。修法前匯回盈餘者，只能扣除股利的10%已納稅款，修法後將盈餘匯回台灣者，才可以增扣在大陸所繳的公司所得稅。

即准許扣抵大陸公司所得稅的措施，並不溯及既往。先前已匯回台灣的大陸投資收益，仍不能回溯主張扣抵大陸公司所得稅。

為使補辦許可台商完全免罰，行政院修正兩岸關係條例第35條第5項，准許未經許可赴大陸地區從事投資或技術合作者，自本條例施行之日（暫訂97年4月1日）起六個月內可向主管機關申請許可，也就是不必罰鍰就可補辦許可。

配合「大陸台商回台補辦許可推動方案」，行政院昨（19）日通過修正兩岸關係條例第24條第2項規定，放寬台商獲配自大陸地區公司或事業的投資收益，可自臺灣地區應納稅額中扣抵的稅額範圍。

現行台商投資大陸，可扣抵稅額僅限大陸地區投資收益在大陸及第三地區已納所得稅，未來則將擴大至其用以發放股利的所得，內含已納大陸地區公司所得稅亦可扣抵。這項放寬規定，直接或間接投資案件均可適用。

以直接投資為例，台商在大陸設置子公司，大陸所得100元，大陸子公司需向大陸繳交25元公司所得稅，稅後盈餘75元全數分配給台灣公司，分配時依大陸法令扣繳10%即7.5元股利所得稅。

依照台灣現行稅法，只有7.5元可以抵稅，台商獲配大陸股利，還要再向台灣政府繳交11.25元稅款。修法後，大陸已納稅款的抵稅額則達32.5元（7.5元加25元），因已超過在台應納的所得稅款，台商可以免再補稅。